而中华军也没有选择追击，毕竟他们经过海上的航行和之前的战斗，自己也有些疲惫，因此暂时的选择了稳固自己的阵地，而没有选择冒险的追击逃跑的日军。
于是日军这才获得了喘息的机会，等到他们仓皇的逃到了京都附近，这才有机会来收拢败军，而长门之战中日军的伤亡十分惨重，一共有超过十万人阵亡或者被俘，此外还有至少五万人失踪，此时德川家纲的手中只剩下不到十五万的军队，而此时日军锐气已失，军心不稳，大家本来都信心满满，认为自己这边拥有超过三十万的军队，怎么也能够像先辈那样将入侵者击退，谁曾想这一仗一打，自己这边不仅没有击退敌军，反而是损失惨重，就算是敌军也损失惨重，但是他们至少已经成功的在本州岛登陆了，那接下来他们要向哪里进军谁都不知道。
日本人并没有等太久，很快，中华军就一路追赶，打到了京都城下了，这里是天皇的所在地，是日本的的国家象征，从某种意义上来说，京都比幕府的所在地江户更加重要，所以日军不能退缩只能再次拼死一战。
而这一战的结果更惨，包括德川家纲在内的十余个大名都死于乱军之中，就连天皇本人都被俘虏了，因为考虑他是松下美惠子的生父，所以中华军并没有像对待普通战俘那样对待他，不过依然是将他囚禁了起来，日后被流放到了台湾岛去了，终生都不能回到日本。
很快，从山东出发的五万军队也抵达了日本，两支中华军迅速的从南往北，很快的就占领了日本的本州，接下来就要出兵攻打北海道了，而南边从琉球群岛这边过来的五万大军也顺利的拿下了九州岛和四国岛，日本除了北海道以外，所有的地区已经全部被中华军占领了。
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