顺治十六年的冬天（1659），清廷调施琅为同安主将，仅仅过了一个月，便又将他的官位升到了福建水师提督，意图很明显，希望能够借助施琅之手打造出一支强大的水军，从海上遏制住郑成功的水军，从而配合陆地上的进攻。
清军几次海上作战的失败令他们意识到水战并不是他们所擅长的，于是便想到了施琅，施琅从郑芝龙时期便是郑家势力的一员大将，后来因郑成功杀死自己弟弟和生父而跟郑成功反目成仇投降清廷，他本就出身于水军，因此对于水战十分擅长，清廷的任命一到，施琅便立即接管了福建的水军，他提出一个方案，将郑家军队势力范围内及时公里的民众全部迁走，造成人为的一处隔离带。
他久在水军中，知道船队看上去航行方便，来去自由，其实是十分依赖后勤补给的，一旦从陆地上切断了明军的补给来源，用不了多久，明军不仅陆上军队补给困难，就连水军也要大受影响。
为了防止明军的袭扰，干预他的水军操练，施琅下令将水军舰队内迁到马港，马港是一个锥形的港口，里面窄外面宽，就在同安城的外面，这里距离厦门和金门都很近，已经实际上威胁到了郑家明军的侧翼，对金门和厦门的航道造成的威胁尤其大。
明军自然不肯坐以待毙，施琅为了防止明军水军前来进攻，让人在马港外围修建了三座炮台，里面安置了上百门威远大将军火炮，这种火炮本是清军从明军手中缴获的，后来经过改进，加大了炮身的重量，延长了炮管，射程稍微有一点提高，虽然是岸炮，但是在射程上已经比明军战舰上面装备的弗朗机炮更远，威力也更大，明军一连试着进攻了三次，都没能拿下马港外面的炮台，施琅的舰队就躲在马港炮台的保护之下，一边继续召集船匠船工继续建造舰船，增加舰队规模，一面加紧训练水军士兵。
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